U Zagrebu, ali i Hrvatskoj, 16. stoljeće obilježeno je Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom, a sam kraj stoljeća završio je tako da je s 15. na 16. rujna 1590. godine, tri godine prije konačnog završetka Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata, Zagreb pogodio teški potres koji je srušio čak i Medvedgrad, a neki su to shvatili kao poruku da stoljeće završi rušenjem starog i najavom izgradnje novog doba.

Na tadašnjem Gradecu nastanili su se Isusovci. Osim biskupa Šimuna Bratulića i bana grofa Tome Erdodyja, najvatreniji borci za katoličku vjeru bili su isusovci, koje je u Hrvatsku doveo baš biskup Bratulić. Zastupnici općine na Gradecu su na poticaj biskupa zamolili isusovce da dođu u Zagreb i tamo se stalno nastane, te da provedu protureformaciju. Samim isusovcima to nije predstavljao veliki problem jer su i sami bili zabrinuti zbog širenja druge vjere, pa se tako nastanjuju u Zagrebu krajem 1606. godine te počinju sa svojom zadaćom.

Upravo među najstarije poznate građevinske radove na današnjem Gornjem gradu spada i pregradnja srednjovjekovnog dominikanskog samostana koji je građen u drugoj polovici 15. stoljeća (1473. godine), a adaptacija je izvršena u gimnaziju. Isusovci su tu zgradu dobili kada su 1606. godine došli u Zagreb. Zgradu su prethodno napustili dominikanci, zbog čega je ona krenula propadati, te se javlja potreba za renovacijom koja završava godinu dana nakon dolaska isusovaca – 1607. godine.

Zgrada je sredinom 17. stoljeća (1645. godine) teško stradala u požaru, te je temeljito obnovljena, a 1667. godine joj se dodaje krilo sa zapadne strane. Već krajem 17. stoljeća zgrada je zbog trošnosti ponovno temeljito popravljena.