Stogodišnji hrvatsko-turski rat započeo je Krbavskom bitkom 1493. godine, a završio je točno sto godina kasnije kod Siska. Turci su pod Sisak došli 15. lipnja 1593. godine, nakon čega je krenula mobilizacija vojske koja bi trebala obraniti Zagreb i Sisak. Dva dana nakon što su Turci došli pod Sisak, general Andrija Auersperg sa svojih 300 vojnika kreće prema Zagrebu, a ban Erdody, Eggenberg i ostali prevode svoje čete preko Save i spuštaju se polako prema Turopolju, te pred Sisak dolaze 22. lipnja, tek 7 dana nakon Turaka. To je bila znamenita bitka u kojoj je Hasanpaša poražen od kršćanske vojske, nakon čega počinje jenjavati turska opasnost.

Nakon pobjede kod Siska, kršćanska vojska se počinje pripremati za osvajanje Petrinje, zbog čega se u srpnju 1593. godine u Zagrebu održava savjetovanje vojnih zapovjednika, te se donosi odluka da se krene na Petrinju. Petrinja je bila izuzetno bitna za tursku vojsku, zbog čega se smatralo da bi poraz Turaka kod Petrinje značio konačni kraj turskim osvajanjima ovih prostora.

Sljedeće godine, 1594., Turci se polako povlače sa sisačkog područja, a još godinu kasnije gube i Petrinju. Nakon bitke kod Petrinje, 22. rujna 1595. godine, Turci zauvijek prestaju biti prijetnja Zagrebu.

Hrvatsko-turski rat ostavio je brojne ožiljke na kršćanskoj vojsci, pa tako i na državi i u Zagrebu. Zemlja je bila iscrpljena ratom, a najteže je bilo uzdržavati brojnu vojsku. Čak je ban Erdody za uzdržavanje vojske potrošio dobar dio svog imetka, zbog čega nije imao sredstava za plaćanje svojih podložnika.

Najbolji opis situacije nakon rata je – siromaštvo. Čak ni bogati europski bankari, Fuggeri, nisu bili od velike pomoći. Naime, zbog strateški važnog položaja Zagreba i Siska, ta su dva grada bila od velike važnosti za zapadne zemlje. Smatralo se da bi Turci, ukoliko prođu Zagreb, mogli biti ogromna prijetnja za ostale zemlje. Zbog toga su europski bankari Fuggeri financirali ratove s Turcima. Obitelj Fugger je iz Zagreba dobivala redovita izvješća o kretanju turske vojske, kao i o cjelokupnoj situaciji vojske. Čak je, posredovanjem obitelji Fugger, i papa financirao rat protiv turske vojske, no smatra se da je to bilo daleko nedovoljno za rat koji je trajao točno jedno stoljeće.

Iako su tijekom ratovanja bila sklapana privremena primirja s Turcima, nije bilo perioda zatišja jer Turci nisu poštivali dogovore te su i u tim vremenima nastavljali sa svojim pustošenjima, razbojništvima i pohodima. Trajno primirje, koje je hrvatski narod, ali i zapadne zemlje, toliko očekivao, došao je 1606. godine kada se potpisuje primirje na čak dvadeset godina. Nakon potpisivanja tog sporazuma, polako počinje jenjavati turska prisutnost na ovim prostorima.

Zagreb se počinje koncentrirati na obnovu zemlje koja je bila teško oštećena u stogodišnjem ratu, no osim Turske, Gradec je imao obvezu raditi i na šteti koja je počinjena u građanskom ratu između pristaša Ivana Zapolje i Ferdinanda Habsburškog.