Unatoč brojnim posjedima i prihodima koji su dolazili s istih tih posjeda, srednjovjekovni Kaptol je bio u vrlo teškom materijalnom položaju. Crkva je muku mučila s državnom vlasti, pogotovo u 15. stoljeću kada je bila pritisnuta ratnim porezima, zbog kojih je morala sa strane skupljati novac kako bi namirila sva davanja, u protivnom bi joj se plijenila imanja, zbog čega bi gubila izvore prihoda.

Zbog velikih problema koji su pratili Kaptol na političkom i gospodarskom polju, školstvo nije baš napredovalo, nego baš suprotno. U ono se vrijeme nije posvećivalo previše pažnje prosvjetnoj skrbi, a kaptolska je škola živjela u teškim uvjetima jer nije bilo vrsnih učitelja, kao niti prostora za naobrazbu mladeži.

Kako se javljaju novi ogranci gospodarstva u srednjovjekovnom Kaptolu, poput trgovine i obrta, stara se sjemenišna škola morala u 14. stoljeću reorganizirati kako bi bila uređena prema školama u drugim rezvijenim europskim gradovima.

Nauka je išla u jednostavnom smjeru – učiti najpotrebnije za svećeničku službu, a to bi bili predmeti poput latinske gramatike, logike, teologije, ali i nešto medicine, te čitanje, pisanje i računanje. Učitelji su uglavnom bili kanonici, a neke od njih je Kaptol slao na izobrazbu u talijansku Bolognu, gdje su stjecali stručnu kvalifikaciju, a neki čak i doktorske naslove, a takve akcije znatno poboljšavaju nastavu.

Školu su polazila djeca svih slojeva, no nisu svi plaćali istu cijenu. Obuka, naravno, nije bila besplatna, osim za siromašne učenike čiji roditelji nisu imali nikakav imetak, ili pak za rođake pojedinih kanonika. S druge strane, sinovi obrtnika morali su učitelju tri puta godišnje davati darove u naturi, a djeca bogatih roditelja su u istom roku morali plaćati školarinu, ali u novcu.

U 15. stoljeću u sjemenišnoj školi prestaje se učiti čitanje, pisanje i računanje, te se ta zadaća seli u samostane i druge gradske škole, dok su u sjemenišnoj školi polaznici stjecali višu naobrazbu

Dio kaptolskih građana se obrazovao i na inozemnim učilištima, poput onih u Italiji, Austriji i Francuskoj.