Jedno od najtežih perioda zagrebačke povijesti svakako je bilo 16. stoljeća, a razlog tomu je bila opasnost od Turaka koji su se približavali gradu, pa sve do unutarnjih problema: dinastičke borbe, građanski rat i tradicionalni sukobi unutar samog grada. Stanovnici Zagreba su imali velikih briga oko održavanja utvrda, ratnih davanja te međugrađanskog nasilja, ali grad nije bio lišen niti kuge, poplava i potresa.

U državi su postojale dvije stranke – dvorska stranaka i narodna stranka. Dvorska stranka je držala stajalište da se Ugarska zajedno s Hrvatskom i Slavonijom ne može sama braniti protiv neprijateljske sile, točnije – od Turske, zbog čega se više oslanja na inozemstvo i zapadne zemlje. CIlj dvorske stranke je bio na prijestolje dovesti austrijskog nadvojvodu Ferdinanda. Između te dvije strane izbio je građanski rat. Zagreb, kao glavni grad i sjedište biskupije još od 1094. godine, postaje središte najvećih borbi za prijestolje. Kako je bilo za očekivati, stanovništvo se dijeli u dva tabora – s jedne je strane bio Gradec koji je bio uz Ferdinanda, dok je Kaptol bio uz Zapolju.

U brojnim borbama između Zapoljine i Ferdinandove strane, stradao je velik broj stanovnika, ali i sam grad Zagreb, posebno Kaptol i biskupski grad. Naime, protivnički su vojnici teško oštetili pročelje stolne crkve te su srušili dva srednjovjekovna tornja. Samo kaptolsko naselje je bilo temeljito opustošeno, te su popaljene rijetke kanoničke kurije, a imovina im je opljačkana.

Biskup Luka Baratin i njegov nasljednik Tomo Bakač počeli su graditi novi biskupski dvor novcem koji je za tu svrhu ostavio biskup Osvald Thuz. Gradnja je trajala dugo jer se još 1533. godine spominje da kanonici nemaju stalnih domova, a 7 godina kasnije (1540. godine) biskup Šimun potiče kanonike da na Kaptolu grade nove kuće.

Kanonici bi se često našli u lutanjima Kaptolom jer nisu imali svoja prebivališta, a biskup Šimun ih je pokušao pridobiti tako da ih je pozvao da grade kuće na opustošenom Kaptolu, a kao stimulans im je dao pravo da polovicom njihove vrijednosti, nakon smrti, može raspolagati onaj koga god imenuju, dok druga polovica vrijednosti pripada crkvi.